Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,631,967 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,631,967 | 0 | A | T | 99.7% | 759.7 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (150/169); total (150/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,631,968 | 0 | G | C | 99.4% | 753.2 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (149/171); total (150/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,631,969 | 0 | C | G | 99.4% | 763.9 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (150/170); total (150/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
CGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCAGTCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGAGCCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAAC > CP042583/1631687‑1632247 ||| cGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAatat < 1:704865/288‑1 (MQ=255) gccgcCAGCGGTCAGGCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCa < 2:566554/287‑1 (MQ=255) cgcgCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCa < 1:2304075/289‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGGTTGGCCCGTGTTTCGGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGACGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGGCGGTCGATGCCCCCGCACCGGGTAAAGTGTTGCACGAAAATTGGGAGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATCTCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTAGCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACAAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCaa < 2:308025/289‑1 (MQ=255) 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agcaGCATTAAACCAGCCGGTCGATGCGCCATACCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAAATGGTGGCAAAAGCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTTCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATCGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTgccgc < 2:2121461/285‑1 (MQ=255) aGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAgc > 1:38609/1‑289 (MQ=255) cATTAAAACAGCCCGTCGATGCGACCTGTCCGACTAAAGGTTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACAGCCTGCTGCATTAGGTGCAAACGACGGCGAGATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTGTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCTACCAAGATCGGTGTTGAGTCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAgcg < 2:267387/288‑1 (MQ=255) aTTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAgcg < 1:948756/287‑1 (MQ=255) aaaaCAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGag < 1:1329998/289‑1 (MQ=255) aaaCAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGagc < 1:1703609/289‑1 (MQ=255) tCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGGGCCGCCAGCCCCGAGCAGCACAaaaa > 1:1691594/1‑289 (MQ=255) ccctcaccGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCa > 1:1817163/7‑289 (MQ=255) tgaccGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGCCCAATATCGGTGTTGTATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAAATTGGCTTTAAGCTGGTAATTGCCGAAGACCCCTGTATTGCCGCCAGCCCCGCACAGCACTAACACCGTCTCAACCAAATCCACCcgtcaa > 2:1857640/4‑284 (MQ=255) 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tGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCa > 2:1548367/1‑288 (MQ=255) tGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCa > 2:2615706/1‑288 (MQ=255) gCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATc > 1:1067800/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |