Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 498,902 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 498,902 | 0 | A | T | 99.6% | 542.8 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (114/112); minor base C (1/0); total (115/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,903 | 0 | G | C | 99.6% | 539.5 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (115/112); minor base A (0/1); total (115/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,904 | 0 | T | A | 99.1% | 541.2 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/113); minor base C (2/0); total (115/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGTTTTAGCTCCATTCCGTTAGCCGGTTCCGCGCGTCGTCAGCCGGATGAAGTGCTCGATCGCGAAGCAGGTAATCGTCTGCTGGCGAGTGAAAAAGATCGCCATGAACATGAACTG > CP042583/498626‑499183 ||| ggtataagagacagtGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGTGGATGGTCGGGCCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGttgatt < 2:132739/274‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |