| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,637,228 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,637,228 | 0 | A | T | 99.7% | 913.8 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,637,229 | 0 | C | G | 99.5% | 896.2 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (193/185); minor base T (1/1); total (194/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,637,230 | 0 | T | A | 99.7% | 911.3 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (194/185); total (194/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
CGATCCAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGT‑ATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAA‑TTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTACTATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCGCTTGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCG > CP042583/1636954‑1637508 ||| cAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGT‑ATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAA‑TTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGcc < 1:1681344/289‑1 (MQ=255) cATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGT‑ATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAA‑TTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAAt < 1:1301030/288‑1 (MQ=255) aTTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGT‑ATTCCAGCCCTTGCTCATCGTTACTGCTCCAGGCAA‑TTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACCGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATACGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGactc > 1:2161888/1‑285 (MQ=255) aTTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGT‑ATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAA‑TTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACATAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATa > 1:1635358/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |