Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 443,321 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 443,321 | 0 | A | T | 99.5% | 881.3 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 443,322 | 0 | G | C | 99.2% | 879.4 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (191/179); total (192/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 443,323 | 0 | C | G | 100.0% | 888.8 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (192/181); total (192/181) |
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
AGATGGTCGAAGAACTTGAACAGGGGCTGCAAAATTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACAGCCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGAGCGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTG‑ACGCGGTATTCAGCATTTTGCCTCGTCTGGCACCTTTAGCCGAAGTGCTCGCCAGCGGTGAAACCAATCTCTTCAACAGCGCGCGAAATATTGCCTGCGCCATTAAAATAGGTCAGGGAATTAAAAACTAACCCTTACCTTTAAAGCGGATGCGATTTATATCGCATAAGAGTGCAGTACTCATGCCGGATGCG > CP042583/443043‑443602 ||| cGAAGAACTTGAACAGGGGCTGCAAAATTACGCCCGTGTTTTACAAAAGCAAACGGAAATGAATGCCGGCACGGTGGGGGGTGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGtt < 2:1274642/288‑1 (MQ=255) aaaTTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCt < 1:31988/289‑1 (MQ=255) aaaTTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCt < 2:1371446/289‑1 (MQ=255) aaTTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTg < 1:2296966/289‑1 (MQ=255) aTTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCt < 2:2045421/287‑1 (MQ=255) aTTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTgg < 1:2139919/289‑1 (MQ=255) cccGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAg < 1:1391302/251‑1 (MQ=255) tttACAACAGCAAACTGAAATTAGTGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGAt < 1:584765/289‑1 (MQ=255) caacaGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCg < 2:1804149/289‑1 (MQ=255) caGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTTGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTGTTGGGTGATGGCGTgg > 1:1293189/1‑289 (MQ=255) 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aatgaatgTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCGGCGGGCGGTATGGGGATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCAc < 2:1776034/289‑1 (MQ=255) aaTTAATGGCTGCCAGATGGCGGGGGGCGCGGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCAc < 2:1188035/289‑1 (MQ=255) tGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTAc > 1:1205962/1‑289 (MQ=255) ggcgggcgGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTG‑Acgcg < 1:409154/289‑1 (MQ=255) cgggcggCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTG‑ACGCGGt > 1:1718056/1‑289 (MQ=255) ggcggcggcGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACTCGCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGGGTGGCGCCGGTGGCGACGCAGTTTAATGTAACGGTGCTTGGGATTGCTGGGGTCTGGGGTGATGGCGTGGAAGTGCTGCCCCAGGCCGGCTTTGCAcgcgt > 2:2555940/1‑286 (MQ=255) 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ccgcTGGGTGTGGCGTCGGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTG‑ACGCGGTATTCAGCATTTTGCCTCGTCTGGCACCTTTAGCCGAAGTGCTCGCCAGCGGTGAAACCAATCTCTTCAACAGCGCGCGAAATATTGCCTGCGCCATTAAAATAGGTCAGGGAATTAAAAACTAACCCTTACCTTTAAAGCGGAt < 2:1647189/254‑1 (MQ=255) ||| AGATGGTCGAAGAACTTGAACAGGGGCTGCAAAATTACGCCCGTGTTTTACAACAGCAAACTGAAATTAATGTCTGCCAGATGGCGGGCGGCGGCGCTGCGGGCGGTATGGGTATTGCGGCGGCGGTATTTCTCAATGCGGATATTAAACCGGGCATTGAAATTGTGTTGAATGCGGTCAATCTTGCGCAGGCAGTGCAGGGCGCAGCACTGGTGATTACCGGGGAAGGGCGCATCGACAGCCAAACGGCAGGCGGTAAAGCGCCGCTGGGTGTGGCGAGCGTGGCGAAGCAGTTTAATGTACCGGTGATTGGGATTGCTGGCGTATTGGGTGATGGCGTGGAAGTGGTGCACCAGTACGGCATTG‑ACGCGGTATTCAGCATTTTGCCTCGTCTGGCACCTTTAGCCGAAGTGCTCGCCAGCGGTGAAACCAATCTCTTCAACAGCGCGCGAAATATTGCCTGCGCCATTAAAATAGGTCAGGGAATTAAAAACTAACCCTTACCTTTAAAGCGGATGCGATTTATATCGCATAAGAGTGCAGTACTCATGCCGGATGCG > CP042583/443043‑443602 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |