Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,642,870 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,642,870 | 0 | A | T | 99.7% | 925.8 / NA | 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,642,871 | 0 | G | C | 99.5% | 921.2 / NA | 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (178/206); minor base A (1/1); total (179/208) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,642,872 | 0 | T | A | 100.0% | 938.1 / NA | 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (179/208); total (179/208) |
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
TTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTAGTGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATAGTGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAAAGTTGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATATAGAACAAGTGCCACGCACAGGTGTAAAAAAACCTGATACCGAACAACTTAACTTGCTTAAAAAAAGTCAGCGAGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTAGTAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGACCCTTATTCTGAAAGTGAATGGCTCAGTTGTATGATCATACAGACCAATACGCGAACTCGCCAG > CP042583/1642591‑1643151 ||| tttATTTCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGAc < 2:1406584/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |