Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,650,109 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,650,109 | 0 | A | T | 99.2% | 627.5 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/146); minor base G (0/2); total (116/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,650,110 | 0 | C | G | 100.0% | 631.0 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (116/148); total (116/148) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,650,111 | 0 | T | A | 99.6% | 637.5 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/148); minor base C (1/0); total (116/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CCACGGCAATGACTTTCATATCGTAGCCACGCGCTTTCGCGACGATGGCAGAGCCGAGTTTGGGGTCCGGAGTACAAATAACGAAACCTTTTGCGCCACTGGCAGCCAGGCTGTCGATCGCGTTCAATGTTTTTTCGCCATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGACTCATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCA > CP042583/1649829‑1650382 ||| cGGCAATGACTTTCATATCGTAGCCACGCGCTTTCGCGACGATGGCAGAGCCGAGTTTGGGGTCCGGAGTACAAATAACGAAACCTTTTGCGCCACTGGCAGCCAGGCTGTCGATCGCGTTCAATGTTTTTTCGCCATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACg > 1:1614776/1‑287 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |