Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,652,538 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,652,538 | 0 | A | T | 98.9% | 438.7 / ‑5.8 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (93/92); total (95/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,652,539 | 0 | G | C | 99.5% | 446.2 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (94/93); minor base T (1/0); total (95/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,652,540 | 0 | T | A | 99.5% | 443.5 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (93/93); total (95/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GAGACTTCTGATTCTGACTCTTAGTTTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGAGTTATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGATGAACCTGGAACTGTACTCTAG > CP042583/1652258‑1652811 ||| cTTCTGATTCTGACTCTTTCATTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGcc < 1:415375/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |