Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,654,132 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,654,132 | 0 | A | T | 99.7% | 775.6 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,654,133 | 0 | G | C | 99.7% | 767.0 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/156); minor base T (0/1); total (166/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,654,134 | 0 | T | A | 99.1% | 765.3 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (163/157); minor base C (2/1); total (166/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGAGCGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTAGTCTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGAGCTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCA > CP042583/1653856‑1654412 ||| acacGGCGCTATTACGGCTGGGGGTGTACCAGCAGGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGatttatt < 2:1006016/289‑1 (MQ=255) cgcTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCTGTGGAGTGGTTTGTGTAGGAACTTCACTGGGCGGTTTATTTAACCg > 1:1467463/1‑289 (MQ=255) cgcTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCg > 1:1450346/1‑289 (MQ=255) gtACCGGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGTGCACGCGGGCAAAACGCTATCTGTGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCaa < 2:2076360/288‑1 (MQ=255) 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ttCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGGGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTAtttt > 1:2029000/1‑286 (MQ=255) ttCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGGTGTCGGTGGCGTGATTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCCGCTGCAACATTCtttgtat > 2:1128294/1‑285 (MQ=255) tCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCtg > 1:2609656/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |