Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,654,438 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,654,438 | 0 | A | T | 99.7% | 740.2 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (162/145); minor base C (0/1); total (162/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,654,439 | 0 | G | C | 99.7% | 731.0 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (162/143); total (162/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,654,440 | 0 | T | A | 99.7% | 737.3 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (161/145); total (162/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGAGCTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATAGTACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCG > CP042583/1654162‑1654722 ||| gcgcCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATggg > 1:1212891/1‑289 (MQ=255) ttttgCTGGTGGTAATGCGGGTCGTATGCCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAGTCCTGCCGTTGGAACAGGGGCTGGGTATGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTATGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGTGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTaa < 2:1669930/289‑1 (MQ=255) cTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATg > 2:2186726/1‑289 (MQ=255) tggtggTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCAt > 1:2247013/1‑287 (MQ=255) 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gAATCTTTTACCCCGGCCGTTGCAACAGGGGTTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGc < 2:1826728/288‑1 (MQ=255) aaTCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGcc > 1:1284994/1‑288 (MQ=255) aaCCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATg > 2:2219886/1‑236 (MQ=255) 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gCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGa > 1:504721/1‑288 (MQ=255) gCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGa > 1:1135630/1‑288 (MQ=255) cGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGTCGTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGTAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGc < 1:150051/288‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |