Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,667,069 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,667,069 | 0 | A | T | 99.0% | 701.3 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (150/147); minor base C (3/0); total (154/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,070 | 0 | G | C | 100.0% | 715.9 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (154/148); total (154/148) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,071 | 0 | T | A | 98.7% | 709.9 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (151/146); minor base C (2/2); total (154/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GATATCATCGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCAGTACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTCCCCCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGC > CP042583/1666789‑1667350 ||| atatCATCGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTAtt > 2:6572/1‑289 (MQ=255) atcatcGAGCAACGTCAGTAAACTACTCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTAtttt > 1:1548990/1‑289 (MQ=255) cGAGCAACGTCAGTAAACTACTCACGGCCAAAAGCATTCCCTCTCACTTTTATTGTAGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGCCACCCTTTTTTTAACAATAAAGTGCTATAATATCCCTCGCCAGCAGTATGATTTTCACGTCGCCTAGGACATACCTTTTTATTTCCACCGTGATGCATTATTCATTTCCGGCAGTTGTTACCGCTGTTGGGCGAGGTGTTTGCGTTTTAGCTCCTATGAGGCTCAACCTATGTTGTcca > 2:909420/1‑287 (MQ=255) ctCCCGGCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCGGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGaaa > 1:1370078/1‑286 (MQ=255) 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ggCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCt < 1:1700954/289‑1 (MQ=255) gCCAAAAGCATTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATAATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCt > 1:2687805/1‑288 (MQ=255) aTTCCCTCTCATTTTTATTGTTGAAGGGTGTAAGTATGAAGCAAAAACGGCAGCTCTGATACTTGCTTCACAGGTCAACATTTTTTTAACAATCAAGTGCAATTATATCTCTCGCCAGCAGAATGATTTTCACGTTTACTATGAACCACCTTTTTATTTCCACCGTGAGGGATTATGCGTTTCCGCCAGTTGTTACCGCTTTTTGGCGCGCTGTTTGCGTTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAatga > 1:911617/1‑289 (MQ=255) 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