Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,667,501 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,667,501 | 0 | A | T | 100.0% | 743.9 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,667,502 | 0 | G | C | 100.0% | 740.6 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (132/179); total (132/179) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,503 | 0 | T | A | 99.4% | 736.8 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (130/177); minor base C (2/0); total (132/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
ATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTC‑TTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATG‑ATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGG > CP042583/1667225‑1667781 ||| aTTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTC‑TTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGTCTCAGTTTATGGc < 2:2088190/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |