| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,667,633 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,667,633 | 0 | A | T | 100.0% | 688.2 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,667,634 | 0 | G | C | 100.0% | 684.6 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (141/147); total (141/147) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,667,635 | 0 | T | A | 98.3% | 677.0 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (138/145); minor base C (3/2); total (141/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGA > CP042583/1667359‑1667910 ||| aTTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAAGAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATGGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCg < 2:2570591/288‑1 (MQ=255) tAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTc < 2:822275/289‑1 (MQ=255) aaaCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCgg < 2:799912/289‑1 (MQ=255) gtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCCGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGttcgat > 1:179140/1‑284 (MQ=255) gCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGTCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATc > 1:2401204/1‑288 (MQ=255) gCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCCGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTGTGGttcgatgatc > 1:1767936/1‑279 (MQ=255) tGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATc < 2:1248872/289‑1 (MQ=255) tGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGGTTGGTTCGATTATCGCCATc < 1:909420/289‑1 (MQ=255) gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGtt > 1:190375/1‑273 (MQ=255) gCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCaa < 1:1870829/288‑1 (MQ=255) 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tcccttccctTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGa < 1:1220084/289‑1 (MQ=255) ||| CATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGA > CP042583/1667359‑1667910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |