| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,669,526 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,669,526 | 0 | G | C | 99.7% | 708.5 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,669,527 | 0 | C | G | 99.3% | 702.1 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (143/152); total (145/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,669,528 | 0 | T | A | 99.7% | 706.0 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (143/153); total (145/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
CGCAGGCAAAACCGTGCGCCCGCCCGAGGCTGTTCTTTTTGCTTACGCCAGCCAGGCTAAATGGCTGACAAGGGAAACCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCCTCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGC‑GAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCT > CP042583/1669243‑1669807 ||| gCAAAACCGTGCGCCCGCCCGAGCGAGTTCTTTTTCGATACGCCAGCCAGCGAAAATGGCTGACAAGGGAAACCGGCCAGTAAAACATCGTGTTCAGGAATGTGTTGACGAATATGTTCCGCCGCCGCCTCATCACTCACGCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATTAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACCTGCACTGTCCGCAAACCCATTCaaac > 2:1135127/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |