Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,669,667 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,669,667 | 0 | G | C | 100.0% | 758.1 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,669,668 | 0 | C | G | 100.0% | 746.3 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (154/161); total (154/161) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,669 | 0 | T | A | 99.7% | 748.2 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (154/159); minor base G (0/1); total (154/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
GCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTAACTATCGGTTACACTTATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGAACTAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGA > CP042583/1669388‑1669947 ||| aGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTa > 2:1952695/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |