Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,676,503 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,676,503 | 0 | A | T | 100.0% | 617.6 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/117); minor base A (0/1); total (140/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,676,505 | 0 | C | G | 99.6% | 612.3 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (140/117); total (140/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCAGCGTAGCAACGGCAGCATTTAGTTTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGCACATTTTGAACCAGCAAACAGGAAAACCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAATACCGCCAAAACAGATAAGGATGGACGAATTAAGGCACTGTGGCCCGAGCAAA‑CTGCAACTACGGGCGATTACCGTGTCGTATTTAAAACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTT > CP042583/1676227‑1676786 ||| tGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCATTTTCATTACcttct < 2:237410/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |