Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,676,524 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,676,524 | 0 | A | T | 100.0% | 711.6 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,676,525 | 0 | G | C | 99.7% | 702.3 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (162/131); minor base A (1/0); total (163/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,676,526 | 0 | T | A | 100.0% | 712.4 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (163/131); total (163/131) |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CTCTGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCAGCGTAGCAACGGCAGCATTTAGTTTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGCACATTTTGAACCAGCAAACAGGAAAACCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAA‑GGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAATACCGCCAAAACAGATAAGGATGGACGAATTAAGGCACTGTGGCCCGAGCAAA‑CTGCAACTACGGGCGATTACCGTGTCGTATTTAAAACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTT > CP042583/1676244‑1676805 ||| tCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCATTTTCATTACCTTCTTTGGt < 1:648958/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |