| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,678,408 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,678,408 | 0 | A | T | 99.7% | 711.6 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,678,409 | 0 | G | C | 100.0% | 702.0 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (141/154); total (141/154) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,678,410 | 0 | T | A | 100.0% | 712.3 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (141/154); total (141/154) | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTAGTACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTAGTCCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTACGGTATAAGAAGTTGCGTTCCCTTTTTAACCGGTTACGCAAGCAGGTTCACAACAAATTATCTGTATAACTTCATATTGCCGACAAAGTACGCGTTATCCCTGCCGGA > CP042583/1678133‑1678680 ||| aTTTTACTGGTCGCATTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGGTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGc < 1:1054037/288‑1 (MQ=255) tttACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCGGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGaa > 2:486248/1‑289 (MQ=255) tACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGaaaa < 2:1366957/289‑1 (MQ=255) gTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCg > 2:1227217/1‑288 (MQ=255) 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TTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTAGTACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTAGTCCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTACGGTATAAGAAGTTGCGTTCCCTTTTTAACCGGTTACGCAAGCAGGTTCACAACAAATTATCTGTATAACTTCATATTGCCGACAAAGTACGCGTTATCCCTGCCGGA > CP042583/1678133‑1678680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |