Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,680,143 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,680,143 | 0 | A | T | 99.7% | 747.5 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (165/144); minor base G (1/0); total (166/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,680,144 | 0 | G | C | 99.7% | 736.0 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/143); minor base T (0/1); total (166/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,680,145 | 0 | C | G | 99.7% | 735.4 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (165/144); minor base T (1/0); total (166/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GACTGTGAAAATCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCAGTAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTGCTTTTCGTTGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTAGTCGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTAGCCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAAAGCTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAACCTGGGCAAATATAGGCTACTTTTTAATCGCAGCTCACGCTGGCGCAGCACTCTTTCATCACTACATTCAGAAAGATAATACTCTGTTACGAATGATGCCTCGCCGCAAATAA > CP042583/1679863‑1680421 ||| aaaaTCACAGGAGCTACAAAAATGAACCGATTCTCAAAAACTCAAATTTATTTACATTGGATAACGCTGCTTTTCGTTGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCAcatca > 1:1352356/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |