Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,681,204 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,681,204 | 0 | A | T | 99.6% | 668.6 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,681,205 | 0 | G | C | 99.6% | 670.0 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/146); minor base A (0/1); total (134/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,206 | 0 | T | A | 100.0% | 678.1 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (134/147); total (134/147) |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TTCTACGATTGTTCTGTTTAGGAAAAGCAAGGCGGGAAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAAAGTGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTAAGCATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAA > CP042583/1680928‑1681485 ||| gTTCTGTTTAGGAAAAGCAAGGCGGGAAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGTAAAGTAAAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTc > 2:1749505/1‑288 (MQ=255) 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ggAAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTatcgatcc < 1:226660/288‑8 (MQ=255) tAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGTTAGAGTTGCCCCGACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACgtgt < 1:188254/289‑1 (MQ=255) aGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACgtg > 2:465509/1‑286 (MQ=255) 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