Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,681,870 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,681,870 | 0 | A | T | 99.7% | 837.0 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,871 | 0 | G | C | 100.0% | 833.5 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (154/193); total (154/193) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,872 | 0 | T | A | 100.0% | 836.7 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (154/193); total (154/193) |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
TGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTAGTTTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGAC‑AGCTTTAGCGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCA > CP042583/1681596‑1682147 ||| gATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTTTGGCAACGTTTCTGCCAAttt > 2:2716032/1‑289 (MQ=255) 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TGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTAGTTTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGAC‑AGCTTTAGCGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCA > CP042583/1681596‑1682147 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |