| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 504,124 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 504,124 | 0 | A | T | 99.7% | 823.4 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (193/152); minor base C (1/0); total (194/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,125 | 0 | G | C | 99.4% | 819.0 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (192/152); total (194/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,126 | 0 | C | G | 99.1% | 816.4 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (191/152); minor base T (3/0); total (194/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCAGCCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGT‑CCGGGGCGTATTGGCGAAGTGAGCGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGAC‑TACCTCTC‑TACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGAT > CP042583/503844‑504405 ||| tgcggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGT‑CCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATc > 1:811355/1‑289 (MQ=255) gggcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGCCGGTCGCTCGCTGGGTGGGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGT‑CCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGt < 2:46793/286‑1 (MQ=255) tgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACCCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGACGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCTGTCACACTTCTGCTGGCGCGGTTTATGGGGATCAACCTCCGCTA‑CTTCGTGCCGGGGCGTCTTGGCGTGGTGTGTGTCACCgt > 2:1112046/1‑285 (MQ=255) cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGTAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGT‑CCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTg > 2:2654235/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |