| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,686,499 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,686,499 | 0 | A | T | 99.3% | 690.3 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,686,500 | 0 | G | C | 99.7% | 689.4 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/147); minor base A (0/1); total (141/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,686,501 | 0 | T | A | 100.0% | 698.6 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (141/148); total (141/148) | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCAGCATAGAAAGTGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACAAGTATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTAGTCCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACG > CP042583/1686221‑1686765 ||| tCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATg > 1:1836362/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |