Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,691,994 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,691,994 | 0 | A | T | 99.7% | 854.9 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (182/172); minor base G (1/0); total (183/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,691,995 | 0 | G | C | 99.2% | 831.7 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (180/171); minor base A (2/1); total (183/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,691,996 | 0 | T | A | 100.0% | 848.9 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (183/172); total (183/172) |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
TCAGTATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATAGTACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATCGTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAA > CP042583/1691716‑1692275 ||| cAGTATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTATTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAat > 1:1435880/1‑289 (MQ=255) tATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATg > 2:698406/1‑289 (MQ=255) tATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATg > 2:130284/1‑289 (MQ=255) tgaCGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAata < 1:1946751/282‑1 (MQ=255) tgaCGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCt > 2:377453/1‑289 (MQ=255) acgacTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACCCTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTCATTATTCAACCCAGAATATGGGGCtc > 2:1274892/1‑287 (MQ=255) acgacTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCGGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTa < 2:70750/288‑1 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACTATGTACATCGTTACTGCTTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATTTGGGGCTatct > 2:652148/1‑285 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgc > 1:1708000/1‑289 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcg > 2:2424959/1‑288 (MQ=255) aCGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGa > 1:1407143/1‑289 (MQ=255) ttttAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCt < 1:2428764/289‑1 (MQ=255) ggggCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTgg > 2:939793/1‑289 (MQ=255) ggCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGt < 2:1913411/288‑1 (MQ=255) cgcATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTg < 1:547419/288‑1 (MQ=255) aTTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAg < 2:1492804/289‑1 (MQ=255) tttcctGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGa < 1:652148/289‑1 (MQ=255) ttAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTg < 1:698406/289‑1 (MQ=255) ttAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGAGTGCGCAATGGCATGGAGGAATCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCTAGCTGCCGCGAAACAACGCATCCTGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTTAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGCCGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTg < 1:727173/289‑1 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTc < 1:600436/245‑1 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCt > 2:2174512/1‑262 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 1:2358046/1‑289 (MQ=255) gtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTc < 2:1971686/240‑1 (MQ=255) gggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 2:1853571/1‑289 (MQ=255) gggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGATGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 1:1195989/1‑289 (MQ=255) 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ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTg > 2:868978/1‑289 (MQ=255) ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTAACGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 1:1183235/1‑288 (MQ=255) aGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAg > 1:2304226/1‑254 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |