| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,692,992 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,692,992 | 0 | A | T | 99.5% | 966.5 / NA | 408 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (225/180); minor base C (2/0); total (227/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,692,993 | 0 | G | C | 99.3% | 957.8 / NA | 408 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (227/177); minor base T (0/3); total (227/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,692,994 | 0 | T | A | 100.0% | 975.7 / NA | 408 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (227/181); total (227/181) | |||||||||||
Only 100 of 408 total aligned reads displayed.
TGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCAAGTCTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCC > CP042583/1692712‑1693273 ||| aCGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTgg > 1:1799618/1‑289 (MQ=255) cAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTACCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATCTCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATAGATGGCTCTGAATTGACACTTGACCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACt > 1:2302386/1‑289 (MQ=255) ttGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGac < 1:2158367/289‑1 (MQ=255) tatccatcacTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAgcg < 2:422728/250‑1 (MQ=255) 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cccccAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTatca < 1:2410975/289‑1 (MQ=255) gcgcgcGTTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGaa < 1:93900/289‑1 (MQ=255) gcgcgcATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGaa < 1:1893176/289‑1 (MQ=255) 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cGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTc < 2:156894/289‑1 (MQ=255) tCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTACGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCTCCGCCTCGACTTTTCCCTccc > 2:1440286/1‑286 (MQ=255) ccTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGa > 1:1498334/1‑200 (MQ=255) 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TGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCAAGTCTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCC > CP042583/1692712‑1693273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |