Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,700,736 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,700,736 | 0 | G | C | 99.7% | 900.2 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,700,737 | 0 | C | G | 99.5% | 891.6 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (196/180); minor base T (1/1); total (197/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,700,738 | 0 | T | A | 99.7% | 904.0 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (196/182); minor base G (1/0); total (197/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
TTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGGCTGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATTGTGATCAGGAACAGTTACAGTAAAGCTCTGCCCCACTAAACGGCTACCCTCTGGAGGTAATGGATAAGTTACCGCCAGGCTAGTATGGCTGGCAAAAAGCAGAGCAAAACTGCAAAGAATATTTACACGACGCATCATGTCCCTTTCCTATGTCGCGAAAGCTATCCGTTAAGTATAGCTTTTATCAGACTTTTCGTTTTTAACTGTTCAAATCAGAAGTCGTATTCCCCGGTAGAACAATATTACTGGCAGCAAGTTCGCCCATGTTGTTGTATATCGCACAGGCAGCTTCGATGATGGGCAT > CP042583/1700456‑1701015 ||| aGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAACAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATTTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAACAGTCTCCAGCGTCTGTGTATGGTGATACTGATCTGTTATTGTAAACTGCTGCCCCATCAAACgg > 2:1468327/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |