| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,710,574 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,710,574 | 0 | A | T | 99.2% | 581.6 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (133/110); minor base G (1/1); total (135/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,710,575 | 0 | C | G | 99.6% | 574.3 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (134/111); minor base T (1/0); total (135/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,710,576 | 0 | T | A | 100.0% | 585.5 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (135/111); total (135/111) | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
ATGGTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCATTTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCTTGTCAGAATAATTTTTCTTTAAATGGCACTTTTTCCGTCATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGA > CP042583/1710297‑1710856 ||| aTGGTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCATTTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCTCGTCAGAATAATTTTTCTTTAAATGGCTGATTTTCCGtc < 2:180629/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |