Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,710,862 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,710,862 | 0 | A | T | 98.5% | 628.0 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,710,863 | 0 | C | G | 100.0% | 620.9 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,710,864 | 0 | T | A | 99.6% | 635.5 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (118/146); minor base G (0/1); total (119/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CGTCATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGC‑CACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGACTTGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCGCTTAATAATACGACGATTTAACGGCTCTTCTTCCAGGGCTAACGGATGATGAGGCGCGACCGCAAAGACTTGTTCCAGATCGCCCAACCGACTAAAACCAAACTCACTGGAAGATGGTGGCTCATGCATCGCGCCAACAATAATATCCGCTCGCCCCTGAGTCAGGGCATCCCAACTACCACCGAGTACGCCATTGATAAACTTCAGGCGCGTCACGCTATGAT > CP042583/1710582‑1711142 ||| ctAAACACCGGCGATCACACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCACACC‑GCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGATGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGcctgcctg < 2:2677217/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |