Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,712,543 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,712,543 | 0 | A | T | 100.0% | 964.4 / NA | 399 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (216/183); total (216/183) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,712,544 | 0 | C | G | 99.2% | 951.1 / NA | 399 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (216/180); minor base T (0/3); total (216/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.56e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,712,545 | 0 | T | A | 99.5% | 961.0 / NA | 399 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (215/181); minor base C (1/1); total (216/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 400 total aligned reads displayed.
GGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCACTAAGACTCATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGACTATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCACTCAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGGCTGTTGTATTCTTCGAG > CP042583/1712269‑1712826 ||| tACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCACTGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCTGGACCAGAAACCTGCCACGATATGTTTCAggg > 2:575898/1‑289 (MQ=255) ggTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTg > 1:1010906/1‑288 (MQ=255) gcggaaagtgacATAGCCAGCGGCATGCATAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACGTTAGATCTATAAGGCTGCGCTAGCGTATCAAAACTGACAATGCATTCGATGAATGAATCTGTGCAATAATGATGACGACATGCGGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCaaa < 2:2502249/277‑1 (MQ=255) aagtgacATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCg < 1:428808/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |