| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,712,675 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,712,675 | 0 | A | T | 100.0% | 926.6 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (195/188); total (195/188) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,712,676 | 0 | C | G | 99.7% | 915.0 / ‑5.0 | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (193/188); minor base A (1/0); total (195/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,712,677 | 0 | T | A | 99.5% | 919.9 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (195/186); minor base C (0/2); total (195/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
CTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGACTATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCACTCAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGGCTGTTGTATTCTTCGAGACTCATCAGAACACAAGCCTCTCCATTCTGACGAGTAATAAGGATCGGGGCATGATCTTCAACGGCTTTCATCATTGTTGCGCTCAAATTCTGACGCGCTTCGCTGTAGCTAATTGTACGCATGTCAAT > CP042583/1712399‑1712955 ||| tACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGAc < 1:2706519/288‑1 (MQ=255) tACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGAc < 2:1473633/288‑1 (MQ=255) tACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGAc < 1:1216979/288‑1 (MQ=255) cGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAg > 1:2400610/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |