Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 508,313 | 2 bp→GC | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 508,313 | 0 | A | G | 99.2% | 626.1 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 508,314 | 0 | T | C | 100.0% | 634.6 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (133/133); total (133/133) |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
ACTTTTATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGAGCGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAAAGCACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATA‑TTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAAA > CP042583/508030‑508596 || tttATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:81786/289‑1 (MQ=255) 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aGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGgcg < 1:675732/288‑1 (MQ=255) aGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGgcg < 2:1488415/288‑1 (MQ=255) cgATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTACTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGa > 1:2151953/1‑289 (MQ=255) 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tGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATA‑TTGACGGTCGGc > 1:2317738/1‑289 (MQ=255) tttAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATA‑TTGACGGTCGGCaa > 1:1996642/1‑288 (MQ=255) aGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCG‑GTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATA‑TTGACGGTCGGCAaacaa > 1:1280385/1‑282 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |