Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,712,908 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,712,908 | 0 | G | C | 100.0% | 908.4 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,712,909 | 0 | C | G | 99.7% | 901.8 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (171/207); minor base T (1/0); total (172/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,712,910 | 0 | T | A | 100.0% | 912.9 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (172/207); total (172/207) |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
ATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGGCTGTTGTATTCTTCGAGACTCATCAGAACACAAGCCTCTCCATTCTGACGAGTAATAAGGATCGGGGCATGATCTTCAACGGCTTTCATCATTGTTGCGCTCAAATTCTGACGCGCTTCGCTGTAGCTAATTGTACGCATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTT > CP042583/1712634‑1713187 ||| aTTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGCGAGTTGTATTCTTCGAGTGACATCAGAACACAAGCCTCCCCATTCTGACGAGTAATAAGGATCGGGGCATGATCTTCAACGGCTTTCATCATTGTTGCCGACAAATTCTGAc > 2:1007628/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |