Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,714,708 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,714,708 | 0 | A | T | 99.4% | 773.3 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,714,709 | 0 | G | C | 99.7% | 768.7 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (170/155); total (170/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,714,710 | 0 | T | A | 99.4% | 773.1 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (168/156); minor base C (2/0); total (170/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
TACCCGCACTGTTAACGATATTCTCGATAACGTGAAAGCACGCGGCGATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACAC‑TGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTAGTGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCAGTACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACG > CP042583/1714428‑1714988 ||| tACCCGCACTGTTAACGATATTCTCGATAACGTGAAAGCACGCGGCGATGAGGCCCGGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACAC‑TGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTggg < 2:2709346/289‑1 (MQ=255) 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aCGATATTCTCGATAACGTGAAAGCACGCGGCGATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACAC‑TGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTgg < 1:562155/289‑1 (MQ=255) tatTCTCGATAACGTGAAAGCACGCGGCGATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACAC‑TGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTggcggc < 2:1349523/289‑1 (MQ=255) atTCTCGATAACGTGAAAGCACGCGGCGATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACAC‑TGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTggcggc > 1:2284230/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |