Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 508,991 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 508,991 | 0 | G | C | 99.6% | 618.1 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (133/127); total (134/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 508,992 | 0 | C | G | 99.6% | 620.6 / ‑6.0 | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (134/127); minor base A (0/1); total (134/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 508,993 | 0 | T | A | 99.2% | 614.7 / ‑6.6 | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (131/127); total (134/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑GCTTTTTGTGGGGCTAAAACTTAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGA > CP042583/508711‑509270 ||| ttttTCAGTAGTGTTTTTTCGTGTGTTACAACGTTGTTTTGTTTTGAATCCTGAGGCATAAGTTGGCTGTTATTAACCCACATAACGCAATGCACTGGCTCTTCACTAAAGGAGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATTGGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAACTCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTtgt < 2:101615/289‑1 (MQ=255) gcagcaGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTgggg < 1:366360/289‑1 (MQ=255) gcagcaGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTgggg < 1:6953/289‑1 (MQ=255) tttttCGGGTGGGTCCACTTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTGGGGCTaaatgata < 1:1957445/289‑6 (MQ=255) 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tttttAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCagga < 1:669815/289‑1 (MQ=255) ttttAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCaggag > 1:570771/1‑289 (MQ=255) acaGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCagg > 1:134955/1‑278 (MQ=255) 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ccACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATg < 2:2656528/289‑1 (MQ=255) aCTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCTCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAAAGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTGGGGCTAAATGATTATGCCCCACACCAGTAAACGTTCTTGAGTAAACCTTTGCATATCCGTCGCCGGGAGGGGATAGCTTTCGCTCCAAttt > 2:1035677/1‑286 (MQ=255) aCTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTT‑CGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTc < 1:1204195/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |