Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,722,112 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,722,112 | 0 | G | C | 100.0% | 915.1 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,722,113 | 0 | C | G | 99.7% | 911.7 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (199/183); minor base A (0/1); total (199/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,722,114 | 0 | T | A | 99.7% | 917.5 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (199/184); minor base G (0/1); total (199/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
TCATCACTGGCTCGTAGATGATCACTTCAACACCTTTCGCCTTGATACGTTTCATAATCCCCTGAATAGAAGACGCACGGAAGTTATCACTACCGCTCTTCATAATCAGACGATAAATACCCACCACTTGCGGCTTGCGACTCAAAATGGCATCGGCAATAAAATCTTTACGCGTGCGGTTAGCATCGACAATTGCGCTGATCAGGTTATTCGGCACAGACTGGTAGTTCGCCAGTAACTGCTTGGTATCTTTCGGCAGACAATAACCACCATAACCAAAGCTCGGATTGTTGTAATGGTTGCCAATACGTGGGTCGAGACAAACGCCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCGTTAAAGTACGCCACGCGCATCGCCAGGTAGGTGTTTGCAAAAAGTTTAATCGCTTCTGCTTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCACTACGCTCACCGATGACAATACGACTAGGATGGAG > CP042583/1721832‑1722393 ||| tGGCTCGTAGATGATCACTTCAACACCTTTCGCCTTGATACGTTTCATAATCCCCTGAATAGAAGACGCACGGAAGTTATCTGAACCGCTCTTCATAATCAGACGATAAATACCCACCACTTGCGGCTTGCGTGACAAAATGGCATCGGCAATAAAATCTTTACGCGTGCGGTTAGCATCGACAATTGCCGAGATCAGGTTATTCGGCACAGACTGGTAGTTCGCCAGTAACTGCTTGGTATCTTTCGGCAGACAATAACCACCATAACCAAACGACGGATTGTTGTaa > 1:881831/1‑289 (MQ=255) 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cGGAAGTTATCTGAACCGCTCTTCATAATCAGACGATAAATACCCACCACTTGCAGCTTGCGTGACAAAATGGCATCGGCAATAAAATCTTTACGCGTGCGGTTAGCATCGACAATTGCCGAGATCAGGTTATTCGGCACAGACTGGTAGTTCGCCAGTAACTGCTTGGTATCTTTCGGCAGACAATAACCACCATAACCAAACGACGGATTGTTGTAATGGTTGCCAATACGTGGGTCGAGACAAACGCCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTg < 1:1842148/289‑1 (MQ=255) aaGTTATCTGAACCGCTCTTCATAATCAGACGATAAATACCCACCACTTGCGGCTTGCGTGACAAAATGGCATCGGCAATAAAATCTTTACGCGTGCGGTTAGCATCGACAATTGCCGAGATCAGGTTATTCGGCACAGACTGGTAGTTCGCCAGTAACTGCTTGGTATCTTTCGGCAGACAATAACCACCATAACCAAACGACGGATTGTTGTAATGGTTGCCAATACGTGGGTCGAGACAAACGCCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCa < 2:2414423/288‑1 (MQ=255) aaGTTATCTGAACCGCTCTTCATAATCAGACGATAAATACCCACCACTTGCGGCTTGCGTGACAAAATGGCATCGGCAATAAAATCTTTACGCGTGCGGTTAGCATCGACAATTGCCGAGATCAGGTTATTCGGCACAGACTGGTAGTTCGCCAGTAACTGCTTGGTATCTTTCGGCAGACAATAACCACCATAACCAAACGACGGATTGTTGTAATGGTTGCCAATACGTGGGTCGAGACAAACGCCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCa < 2:1001242/288‑1 (MQ=255) 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TCATCACTGGCTCGTAGATGATCACTTCAACACCTTTCGCCTTGATACGTTTCATAATCCCCTGAATAGAAGACGCACGGAAGTTATCACTACCGCTCTTCATAATCAGACGATAAATACCCACCACTTGCGGCTTGCGACTCAAAATGGCATCGGCAATAAAATCTTTACGCGTGCGGTTAGCATCGACAATTGCGCTGATCAGGTTATTCGGCACAGACTGGTAGTTCGCCAGTAACTGCTTGGTATCTTTCGGCAGACAATAACCACCATAACCAAAGCTCGGATTGTTGTAATGGTTGCCAATACGTGGGTCGAGACAAACGCCTTCGATTATTTGACGGGAATTCAGACCTAAACTTTCTGCATAGCTATCCAGTTCGTTAAAGTACGCCACGCGCATCGCCAGGTAGGTGTTTGCAAAAAGTTTAATCGCTTCTGCTTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCACTACGCTCACCGATGACAATACGACTAGGATGGAG > CP042583/1721832‑1722393 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |