Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,725,738 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,725,738 | 0 | A | T | 100.0% | 729.3 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,725,739 | 0 | G | C | 99.7% | 719.3 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (173/134); total (174/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,725,740 | 0 | C | G | 99.0% | 711.9 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (171/135); total (174/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
GTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGAGCCGCCACGATATTGAGCATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTG > CP042583/1725458‑1726019 ||| gCCATTGGTTTCTCGGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGTCGCGCCACGATATTg > 1:2497015/1‑289 (MQ=255) ctcggTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGTCGCGCCACGATATTGAGCATATCGa > 1:2087250/5‑288 (MQ=255) cggTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGTCGCGCCACGATATTGAGCATATCGAtc > 1:2653754/3‑288 (MQ=255) gatgatCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGTCGCGCCACGATATTGAGCATATCGATCTCAAc > 1:1300735/1‑289 (MQ=255) gatgatCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGTCGCGCCACGATATTGAGCATATCGATCTCAAc > 1:1713705/1‑289 (MQ=255) tCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGTCGCGCCACGATATTGAGCATATCGATCTCAACGCGcc > 1:127842/1‑289 (MQ=255) ggCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGTCGCGCCACGATATTGAGCATATCGATCTCAACGCGCCGgaa > 1:1642463/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |