| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,726,035 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,726,035 | 0 | A | T | 98.8% | 773.4 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (157/173); minor base C (3/1); total (163/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,036 | 0 | G | C | 98.8% | 757.7 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (158/171); total (163/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,037 | 0 | C | G | 99.4% | 799.8 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (161/174); total (163/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
AGCATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCAGCGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGATTATTTGCTTAAA > CP042583/1725754‑1726316 ||| cATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGGGTTTGGCTCGGTGGAAg > 1:2449585/1‑289 (MQ=255) atatCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGaa < 1:605429/287‑1 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGa > 1:2308262/1‑289 (MQ=255) atCGATATCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCTAGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGTAGGGa > 1:2394032/1‑289 (MQ=255) tctcAACGCGGCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAGTCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATtgt < 1:2238274/288‑1 (MQ=255) ccGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTg > 1:1500852/1‑289 (MQ=255) ccGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTg > 1:1781594/1‑289 (MQ=255) aagaagaaATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACg < 2:866450/288‑1 (MQ=255) agaaATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACt < 1:323650/289‑1 (MQ=255) cGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCa < 1:398784/289‑1 (MQ=255) 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cATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCCCTTTGCTTTGGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACTCTTCACGGTAACTTACcgaactcag > 2:896124/1‑285 (MQ=255) aTACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACcgaacgaa < 2:691340/287‑1 (MQ=255) ggCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAaga > 1:1129661/1‑289 (MQ=255) 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tGCTCGGTGTTGTTC‑CGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGTGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGAc < 1:2672912/289‑1 (MQ=255) ggCTCGGTGTCGTTCACTTTATCGACCTGCTACAACTTGCACTGCGCGGCGCACCGCTCAACCTGCGTGTTTGGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGa < 2:2097790/288‑1 (MQ=255) gttCGGTTTTTTTCACGTTATCGACCGGCTACAACCGTCTCTGCGCGGCGACCCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGT‑GTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCA‑GTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGAc < 2:392693/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |