Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,732,413 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,732,413 | 0 | A | T | 99.5% | 1005.3 / NA | 424 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (193/228); minor base G (2/0); total (196/228) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,414 | 0 | G | C | 99.5% | 1012.2 / NA | 424 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (195/227); minor base A (1/1); total (196/228) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,415 | 0 | C | G | 99.8% | 1006.4 / NA | 424 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (194/228); total (196/228) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 424 total aligned reads displayed.
AGTACTCTGGACGGCAGCAATATTGGTAGCGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAAAGTCGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGAGCTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTTTATCGCTACACGCATTATCAGTGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGAGCCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGG > CP042583/1732134‑1732693 ||| aGTACTCTGGACGGCAGCAATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGc < 1:633100/289‑1 (MQ=255) agcaATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGt > 1:2520686/1‑288 (MQ=255) ggTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTg > 1:1783515/2‑289 (MQ=255) ggTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATAACGAAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAGCAACTACGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTg < 2:336896/288‑1 (MQ=255) 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tCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGt > 1:1644713/1‑289 (MQ=255) tCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGt > 1:944681/1‑289 (MQ=255) cAGGACGTTCCCGAATCACCAAAAATGCTGGGCCAGCGCAGCTACAGCGCCTACCATGATGCACTGACGCATCTCGCCACCCGCGCCAGTTTTGGGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTg < 2:907853/289‑1 (MQ=255) 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accgaatcacGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTAGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAAt < 1:2449817/280‑1 (MQ=255) atcacGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGt < 2:180781/285‑1 (MQ=255) atcacGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGt < 1:1003332/285‑1 (MQ=255) atactgCAAAATGCGGAGACAGCGCGGATACAGAGCCTCCCATGATGCAATGACGCAGCTCGCAAACCGCGCCAGTTATGAGAAACACATGCGTATCCTGCTGCAAACAGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGAGCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGTGTTCCAGCGACGTGCTGGGGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGt < 2:1933295/284‑1 (MQ=255) cGCAAAATGCTGCGCGAGCTTAGCTACAGAGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTctgc < 2:1230125/289‑1 (MQ=255) cGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGT‑ATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGGGGCTCGGTGGGGATGAATTTgggttgg > 2:2285564/1‑284 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |