| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 510,571 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 510,572 | 0 | C | G | 100.0% | 716.9 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (157/141); total (157/141) | |||||||||||
| * | CP042583 | 510,573 | 0 | T | A | 99.7% | 718.2 / ‑4.7 | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/141); minor base G (1/0); total (157/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TCTCATTTAGACGGTCAATAAATCGGGAGAACACCAAATTATTTAAAGAAGATTTATTATAGGAAATGTAAAGCTTTATACTAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAAACTGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCACTTTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGAGTATTGCGAATCGTATGCAATGGCATGCAAATGACGGAACGGCTGATCACTGGCATTTGGGTGATCACCAGATCGGCTTTGCGGTGAACCAACAGTTCTTCAGCATTCTCTGCACTCATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTAT > CP042583/510291‑510851 ||| tctcATTTAGACGGTCAATAAATCGGGAGAACACCAAATTATTTAAAGAAGATTTATTATAGGAAATGTAAAGCTTTATTGAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGa < 2:1797761/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |