| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,735,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,735,288 | 0 | A | T | 99.1% | 818.5 / NA | 349 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (166/178); minor base G (1/2); total (169/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,735,289 | 0 | G | C | 98.6% | 805.1 / NA | 349 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base C (166/177); total (169/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,735,290 | 0 | C | G | 98.6% | 809.7 / NA | 349 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base G (166/177); total (169/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
GCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAG > CP042583/1735009‑1735566 ||| cgcaggaCCAGCGGCCAGAAGCGATTACCCAGGCGGTGATTGGTGGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCg < 2:560017/288‑1 (MQ=255) tGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAagcca < 1:648178/288‑1 (MQ=255) tGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAag < 2:1679193/285‑1 (MQ=255) gCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAagccag > 2:1371133/1‑288 (MQ=255) cAGAAGCGATTACTCAGGCGGGGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAagccagcc < 2:446971/288‑1 (MQ=255) aggaGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:807577/286‑1 (MQ=255) ggCGATTACTCAGGCGGGGTTTGGTCGGCAGAAAAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATGCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 2:2468548/285‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:1233412/286‑1 (MQ=255) gactACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCg > 1:456744/4‑270 (MQ=255) agggacaggTGAGTGGGCGGCCGATCAACTTCCGGGGGCTGGGCGGGGGTGAAGCAAAAGCCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAGGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAg < 2:681771/282‑1 (MQ=255) gCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATAGCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCTCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCTATCGTGAAGCCCGCGTGCTGGGTCACAGTGGtt > 2:1152247/1‑289 (MQ=255) gATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGACGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGt > 1:275007/1‑289 (MQ=255) gATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAAAGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGGGGTACGACTGACGGTTCATTGCTGCCGATGGGGCCGCAGGTGCGTTCGCGTTCTC‑ATCGTTGAGCCCACCTGCCGGGTCCCCGGGGTTGcccg > 2:2035325/1‑287 (MQ=255) aTTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGGAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCATCCTGCTGGGTCCCCGTGGTTTCCGTa > 2:1405567/1‑289 (MQ=255) aTTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTa > 1:565707/1‑289 (MQ=255) ttGGTCGTCCTATCAACGTCCAGGTTGTGGGCGGTGATGAAGCAAACCCCCAGGCGGAAGGGATTCTGGAAGGCGCGTCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGCAGTGGACTTCCAGTACGATCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGTTGGTGGATATCGGCTGTGGTACGACTGACTGTTCACTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTa < 2:275007/288‑1 (MQ=255) tGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTAtt > 1:1908115/1‑289 (MQ=255) gtcgtcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:1900314/263‑1 (MQ=255) gtcgtcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTgg > 1:1586732/1‑289 (MQ=255) gtcgtcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGGACGACCGAATGTTGATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGGGGCG‑TTCCGGTCCCGATCGTTAAGTCACCCTGCTGGGTCACGGGGGTTGCCGGTTTgg > 2:15214/1‑289 (MQ=255) tcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGt > 1:609125/1‑289 (MQ=255) ccGATCAACTTCCTGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 1:2607642/289‑1 (MQ=255) ccGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 1:1371133/289‑1 (MQ=255) tGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGGGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTg < 2:1342029/256‑1 (MQ=255) cGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGc < 1:1558656/288‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCt > 1:78257/1‑270 (MQ=255) tgatgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCt < 2:78257/270‑1 (MQ=255) gatgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCG‑TTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGGGGTAACGATCTGGGAATCGCGCTGGCGTTTa > 1:888878/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |