Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 511,069 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 511,070 | 0 | C | G | 100.0% | 494.2 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (100/107); total (100/107) | |||||||||||
* | CP042583 | 511,071 | 0 | T | A | 99.5% | 492.4 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (99/107); total (100/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
ATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCACTGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAAGCTCTGGCTCACGGCACTTGGGGTGATATATAGACTTTCAGCAGCTTTGCTAATGCTTAAATGCTGGTAAATACACTCAAATATGACAAGAAGATTTAAGTCGAACTTTTTCAAGTCGTAGAGATTGGCCATACACTACTCCGGTTATATTTTTCTTCCATGATATATTCACTTAATCAATGTTTTTTGCGTATATATTTTTATTGATTATGTTTTTTTGCTTAACTCAGGATTAAGTTTTTCTAAAATAGCACAGCCACTTAGGGCAGAGCGAGCAATTCATGCTTTTTTAGG > CP042583/510790‑511347 ||| atCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAACGACTGGCTCACGGCTGATGGGGTg < 2:1645583/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |