Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,743,309 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,743,309 | 0 | A | T | 99.6% | 660.8 / ‑3.9 | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/134); minor base . (0/1); total (141/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,743,310 | 0 | G | C | 99.6% | 649.6 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (141/133); total (141/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,743,311 | 0 | C | G | 99.3% | 646.7 / ‑6.3 | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (141/132); total (141/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
AACAAAGAACAGGCCATTGTGATGAATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAAAGCGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGAGCTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTAGTATCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGC > CP042583/1743030‑1743587 ||| aGAACAGGCCATTGTGATGAATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACt > 1:948131/1‑289 (MQ=255) ccATTGTGATGAATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTcg < 1:824192/285‑1 (MQ=255) ccATTGTGATGAATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTcg < 1:1465177/285‑1 (MQ=255) ccATTGTGATGAATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTcg < 1:2020502/285‑1 (MQ=255) tgtgATGAATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATg > 1:2091991/1‑289 (MQ=255) tgaATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGtt > 2:1723161/1‑289 (MQ=255) gaATGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGttt < 2:2193148/289‑1 (MQ=255) aaTGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGtt > 2:1000470/1‑287 (MQ=255) aaTGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATCATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCCGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCACCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATCATGGCTATCGCGCTGGTAATCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAAGATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTCTCGTTCATCGGCCCTTTCGCGGTTATTGTGtt > 2:592148/1‑287 (MQ=255) tGTTCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGGGAAGGTGACAGTGCTTTCCACTCGCCCCACCAATATCCGCGCATTCGCCGATAATACTCAGTTTGAATTGACGATGGCTATCGCGGCGGGAGTGATGATAAGTTACCTATTTTTGGGCAATATCCCGGCGACCCTTATTGCCGGGTGTCCGGTACCCCTGTCGTTACATGGCACTTTGCCGGTTAAGGTttttg > 2:1836048/1‑286 (MQ=255) ttCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGa > 1:810792/1‑289 (MQ=255) tCAGCGCCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTCCGCGAt > 1:2176956/1‑289 (MQ=255) cgcCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGAttttt > 2:2609395/1‑288 (MQ=255) gcccgcccGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGCAAGAATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGAttttt < 2:907455/288‑2 (MQ=255) gcCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTcg > 2:2269630/1‑264 (MQ=255) gcCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTcg < 1:2269630/264‑1 (MQ=255) gcCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGAtttttc < 1:687331/289‑3 (MQ=255) gcCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGAtttttc < 2:242524/289‑3 (MQ=255) gcCAGCCCGGTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGAttttt < 2:2574168/288‑2 (MQ=255) 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gTGCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGATATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATa > 1:2729356/1‑288 (MQ=255) gCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAAcc < 1:1222632/289‑1 (MQ=255) gCTAACATTATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAAc < 2:1357385/288‑1 (MQ=255) tAACATTATCTCCACCGCCGACAGCTTTCGGCAGATGCTGCACCAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGAACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCCGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAACCt < 2:2117136/288‑1 (MQ=255) aCATTATCTCAACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAACCTGac > 1:1090894/1‑289 (MQ=255) tATCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAACCTGACACTg < 2:810792/289‑1 (MQ=255) caccccACCCGCGACACGATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGAACGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAACCTGACACTGa < 2:1328219/285‑1 (MQ=255) atcacaaCCGACGACAGCTGTGGGCTGAGGCTGCCACAGGTCACTGATGGTATGGCGAAATGGGGGAAGGTTACCGTGCTTTACGATCGCGACGCCAAGCTCAGCGCATCCGTCGATGAGAGTCAGGTTGATTTGATGATGGCTATCGAGCTGGTAGTCATGAGTAGTTACCTGTTTTGGGGCAATATTCCGGAGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATGTTTCAATCAATAACCTGACACTGa < 2:1981327/283‑1 (MQ=255) aTCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTTCCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGGTATGGTGTTTCTCCATTTTTCAATCAATAACCTGACACTGa > 2:2291842/1‑289 (MQ=255) aTCTCCACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTTTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGTTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAACCTGACACTGa > 1:451795/1‑289 (MQ=255) cACCGCCGACAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTTTTTCTCGATTTTTCCATCAATAACCTGACACTTATGTCg > 2:2044194/1‑289 (MQ=255) aCAGCATTCGGCAGATGCTGCCACAGCTCACTGAGAGTCTGCCGAAATCGGTGAAGGTGACAGTGCTTTCCGATCGCACCACCAATATCCGCGCATCCGTCGATGATACTCAGTTTGAATTGATGATGGCTATCGCGCTGGTAGTCATGATTATCTACCTGTTTTTGCGCAATATTCCGGCGACCATCATTCCCGGTGTTGCTGTACCGCTGTCGTTAATCGGCACTTTCGCGGTTATGGTGTTTCTCGATTTTTCAATCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTa > 1:669676/1‑288 (MQ=255) 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