Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,743,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,743,624 | 0 | A | T | 99.2% | 827.2 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.12e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,743,625 | 0 | G | C | 100.0% | 836.2 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (159/194); total (159/194) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,743,626 | 0 | T | A | 99.7% | 847.3 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (159/193); minor base C (0/1); total (159/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TAGTATCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGGCACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTTGCAGG > CP042583/1743350‑1743903 ||| ttcaaTCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGgtggtgtcg < 1:1262490/285‑4 (MQ=255) caaTCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGgtggtgtcgct < 2:2060172/287‑6 (MQ=255) tCAATAACCTGACCCTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGgtggtgtcgctgac < 1:11658/289‑9 (MQ=255) aTAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCgctgaccct < 1:700702/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |