| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,743,684 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,743,684 | 0 | A | T | 99.7% | 805.7 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (156/177); minor base C (1/0); total (158/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,743,685 | 0 | G | C | 99.7% | 795.4 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (158/176); total (158/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,743,686 | 0 | C | G | 99.4% | 801.9 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (156/177); minor base T (2/0); total (158/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
GATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGGCACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTTGCAGGCACCGCAATCCAGCTCCTTTGCCAATATGGCCCAGCGACAACGCCAGGTCGCGGA > CP042583/1743405‑1743958 ||| gATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAACGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATCTCGTCGGGCGACTGTTCCTCCAATTTGCTATTACCTTGGCGGTAGCAATTTTGATCTCAGCGGTGGTTTCGCTGACGCTGACACCGATGATTGTCGCGCGGATGCCTCGCCAGGCGGCTTTGCGTa > 2:2311/1‑289 (MQ=255) tGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTaaa < 1:1735027/289‑1 (MQ=255) cctcagggtgACCGAAAACGTTCCCCGCTAGACCGAAGAAGGCCGAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGCCGCAGTGGAAATCGTCTTTACCATTATCTCTCTGTCCTTCTCACTGATTGCGGTTTTGAGCTCACTGCTGTTTAGGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAAc < 2:810475/283‑1 (MQ=255) aTCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTGATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGCAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGGCGCTGACCCTGACACCGATGCTTTTCGCGCGGATGCTGAGCCAGGAGTCGTTTCGTAAACAGAACCTCGTCTcc > 2:222217/1‑288 (MQ=255) cGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGt > 2:1132614/1‑289 (MQ=255) tataTCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTAACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGGCTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCTGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATg < 1:1310224/288‑1 (MQ=255) atCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGCAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCg < 1:780703/289‑1 (MQ=255) 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gAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTCCCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCGACAGGATAATcg < 1:394405/289‑1 (MQ=255) aaaacCCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCGACAGGATAATcg < 2:1839578/288‑1 (MQ=255) gccggtgaaGGGGGCAGGTGGAATCGGCTTTACCCTTTTCTCTCTGACCTGCTAACTGTTTGCGGTGTTGATCCCATTGCTGGTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCGGGCGGTAGCGATTTGGTTCTCAGCGGTGGGGTCGCTGACCCTGACGTCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTGTCCCGGGCCTGGGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATTGTCGTgg < 2:2494642/281‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |