| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,744,656 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,744,656 | 0 | A | T | 100.0% | 808.9 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (170/170); total (170/170) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,744,657 | 0 | G | C | 99.7% | 806.3 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (169/170); minor base A (1/0); total (170/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,744,658 | 0 | C | G | 99.7% | 806.5 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (168/170); total (170/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
GGCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGC‑GCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCA‑CGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCG > CP042583/1744379‑1744937 ||| ggCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGa < 2:2400012/288‑1 (MQ=255) gCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGAt > 2:2177322/1‑288 (MQ=255) cGGATGTCGATAACGCCGTGCACAACCCGTTTGGTCAGCGGCTGCTATCCACTATTTATACGCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACGATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATg < 2:1068235/288‑1 (MQ=255) cGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGAATTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATg < 2:887533/288‑1 (MQ=255) cGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCa < 1:2057492/288‑1 (MQ=255) tGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAgg < 2:504532/279‑1 (MQ=255) tGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATgg > 1:1003894/1‑288 (MQ=255) 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ttGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGAc > 1:1518271/1‑289 (MQ=255) ttGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCCCCTTTAACGTCCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCAGTTATGGACACCGAAAAgc > 2:2476371/1‑287 (MQ=255) cGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCCCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGCCGCCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATCGAGCACCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCTACCATCCGGATCCATTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTACCGTTCCGGATCACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGTCGCTGATGGCCACCGACACGACGCTGac > 2:1773481/1‑286 (MQ=255) tataCTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGAc < 1:1833939/263‑1 (MQ=255) ataCTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATg < 1:1295524/231‑1 (MQ=255) aCTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑c < 1:1497600/289‑1 (MQ=255) cAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCa > 2:820306/1‑233 (MQ=255) cAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGt > 2:2681082/1‑289 (MQ=255) ggCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGTCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACTTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTTCAGGCGATTTTGGACACCGACATTACTCTTAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGt > 2:2121020/1‑287 (MQ=255) ggCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGTGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATCTCACCACG‑CAGtt > 1:1039354/1‑288 (MQ=255) ggCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAgg < 1:836341/233‑1 (MQ=255) ggCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGtt > 1:1975987/1‑288 (MQ=255) 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aaaaTACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACg < 1:1125200/245‑1 (MQ=255) aaaaTACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACg > 2:1125200/1‑245 (MQ=255) aaTACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGgcagca < 2:280146/289‑1 (MQ=255) aaTACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCCCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGgcagca < 1:529378/289‑1 (MQ=255) aTACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCAGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCAAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGgcagc > 1:434900/1‑287 (MQ=255) aCCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGgcagc > 1:2147521/1‑285 (MQ=255) cccAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAATGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGgcagca > 2:813427/1‑284 (MQ=255) ccAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGGCAGCACTg > 1:395447/1‑286 (MQ=255) cgcgGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGAtt > 1:1334849/1‑289 (MQ=255) cgcgGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGAtt > 1:1064979/1‑289 (MQ=255) tGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCG‑GCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCgcgg < 2:411330/288‑1 (MQ=255) gATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCagt < 1:24493/250‑2 (MQ=255) 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GGCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACG‑CAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGC‑GCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCA‑CGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCG > CP042583/1744379‑1744937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |