| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,745,463 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,745,463 | 0 | A | T | 100.0% | 690.2 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (145/144); total (145/144) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,464 | 0 | G | C | 99.7% | 693.2 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (145/143); total (145/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,465 | 0 | T | A | 97.9% | 668.3 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (139/144); minor base C (6/0); total (145/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGAGCGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCAGCCTGCCCGGTGCGAGTCCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCAGTCTTGGGCGCATTGCCGGAGTCAGTGAAATGACCTCCAGCAGTAGCCTCGGCAGCACGCGTATTATTTTGCAGTTTGATTTTGACCGGGATATCAACGGCGCAGCGCGTGATGTGCAGGCGGCGATCAACGCTGCACAAAGTTTGCTGCCCAGTGGGATGCCCAGCCGCCCGACCTATCGCAAAGCGAACCCGAGCGATGCGCCAATTATGATCCTCACGCTGACGTCCGATACT > CP042583/1745186‑1745744 ||| tCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACa < 2:1378565/289‑1 (MQ=255) gCTTACGCTGTTTAACACGCGGGGGATGTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCGTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGGTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGGTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGc < 2:1663528/288‑1 (MQ=255) tGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGCCa < 2:790517/288‑1 (MQ=255) tGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGCCa < 1:2167769/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |