Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,746,363 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,746,363 | 0 | A | T | 98.5% | 624.4 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,746,364 | 0 | G | C | 99.6% | 636.3 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,365 | 0 | C | G | 99.6% | 647.8 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (140/134); minor base T (0/1); total (140/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGT‑TGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCG‑CTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTC‑AATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCG > CP042583/1746083‑1746644 ||| gACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGT‑TGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCG‑CTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCgcgc < 2:2656614/288‑1 (MQ=255) ccgactcagtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGT‑TGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCG‑CTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCa < 2:219455/280‑1 (MQ=255) ccgactcagtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGT‑TGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCG‑CTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGGGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGcc > 1:51330/9‑287 (MQ=255) agtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGT‑TGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCG‑CTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACtattat > 1:603785/2‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |