| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,749,045 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,749,045 | 0 | A | T | 99.4% | 773.0 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (166/159); total (167/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,046 | 0 | G | C | 99.7% | 765.2 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (167/159); total (167/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,047 | 0 | C | G | 99.7% | 779.1 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (167/159); total (167/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
GCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGCTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACC‑TTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGG‑CATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATT > CP042583/1748768‑1749326 ||| gctatatctGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGGCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGAc < 2:35216/285‑1 (MQ=255)gCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGAc < 1:811491/288‑1 (MQ=255) ggcgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTg > 1:2226453/1‑289 (MQ=255) ccGGTCGGGGCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTTTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACt < 2:2448048/289‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACt < 1:2370729/289‑1 (MQ=255) cAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGt > 2:1336583/1‑287 (MQ=255) tcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGTATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCt < 2:32434/286‑1 (MQ=255) tcggtcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTGTCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCCCAGTTGGCCGGGTGGCACTGGTGCTTTa > 2:628857/1‑289 (MQ=255) tcCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAAAATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGCTCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACGACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTTGCCTGCCGCTGTTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTCCCGGTTTATCGCCTGTGACGATTGCCGGCAGGGTCGTCGTTGGTGTGTGCGCACTGGTGCTTTATct > 2:802268/1‑288 (MQ=255) tgctCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTgg > 1:2079810/1‑259 (MQ=255) 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cgcatcgtGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGGTCAGTCTGaaa > 2:1271619/8‑289 (MQ=255) gcatcgtGGCACTGGATCTTTTTGCTACACATGCCGTTGGGGATTATCGGTGCGAGCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGAAGCGGTGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGaaa < 1:1112749/282‑1 (MQ=255) tcgtGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGt > 1:788572/4‑289 (MQ=255) 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cAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACC‑TTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGG‑CATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGgc < 1:2266141/269‑1 (MQ=255) ||| GCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGCTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACC‑TTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGG‑CATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATT > CP042583/1748768‑1749326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |