Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,753,832 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,753,832 | 0 | A | T | 99.7% | 715.5 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,753,833 | 0 | G | C | 99.7% | 706.2 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (157/140); minor base A (1/0); total (158/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,753,834 | 0 | C | G | 100.0% | 714.9 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (158/140); total (158/140) |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
GATTCATCAGAAAAAATGTTAGCGCGGTCAAGTTTTCACCGCAAAGGTATTTAAAAGGTATTATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGAGCTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGAGCTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGAGCCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCAGCGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACAGCCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCAT > CP042583/1753558‑1754108 ||| gagtcatcaGAAAAAATGTTAGCGCGGTAAAGTTTTCAACGCAAAGGTATTTAAAAGCTATTATTAATTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAAAAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGtt < 2:2598592/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |