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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,756,004 | 0 | C | G | 99.0% | 479.0 / ‑2.2 | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/85); minor base A (1/1); total (117/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
CGCTGGTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTG > CP042583/1755722‑1756283 ||| aCCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCAt > 1:203780/1‑289 (MQ=255) 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gcgTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTg > 2:2630640/1‑289 (MQ=255) ||| CGCTGGTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTG > CP042583/1755722‑1756283 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |