Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,756,314 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,756,314 | 0 | A | T | 98.5% | 625.0 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (139/123); minor base G (2/2); total (142/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,756,315 | 0 | G | C | 99.6% | 631.8 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (142/125); minor base A (0/1); total (142/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,756,316 | 0 | T | A | 99.2% | 623.8 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (142/123); minor base C (0/2); total (142/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
CGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGAGTTTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCAGCCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGAATGGCTGGAAGAGCTGCAAGACGTGACGCCGTTTATCGATTTTGGCCCACGTATTGGCGATATCCCGGATGCATTACTGGCGCGGATCATGGCCTGTCGACCTTTAGTGAGCCTCAATCGTCAAGAGGCTGAGATTGCCGCCGAACGTTTTGCT > CP042583/1756034‑1756592 ||| gTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGc < 2:1908043/288‑1 (MQ=255) taTCGCAGAAGCGTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGAAATCGAACTGAACAAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTTAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCgg < 2:2664847/287‑1 (MQ=255) tCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATc > 1:50829/1‑288 (MQ=255) ccccTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCg > 1:1505919/1‑288 (MQ=255) cccTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAACGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTTTCTGGCGCCGGTTGACCAGGATGGCGAAACGACTTTTATGTCATTCAGCGGTTGTGAATATAAGTGGAATccc > 2:1447239/1‑286 (MQ=255) cccTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGcc > 1:2510854/1‑289 (MQ=255) cccTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGAGAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGCACGCCCTTTTATGTCAGTCAGCGGTTTTGAAAATCAGTGGAATTGc > 2:918297/1‑288 (MQ=255) ccgggCGTGGGGGCGATATCGAACTGAACCAGCAGGGCTTGAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCa < 2:2343676/286‑1 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCCCTTTTCTGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGTCAGtggcaggc > 1:1532232/1‑289 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctggc > 1:2462057/1‑289 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctggc > 1:2333744/1‑289 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctgg < 1:1776748/288‑1 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCACGtggctggc > 1:2092547/1‑289 (MQ=255) 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cagAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCa > 1:1681450/1‑289 (MQ=255) agagCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTgg < 1:2630640/286‑1 (MQ=255) agCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGc < 1:1829569/288‑1 (MQ=255) ggcggcTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCg > 2:1065491/1‑262 (MQ=255) cggcTGCGCACTGAATTTGGCCGGGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGACGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTc < 1:41675/288‑1 (MQ=255) cggcTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTc < 1:1317976/288‑1 (MQ=255) cgtaaTATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAAc < 1:1362367/286‑1 (MQ=255) cTGAATATGGCCGTGGCGTTAAAGGGCGGTGGCATCGCAGGGGGTGAGGCCTTGCCGCTGGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGGTGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAAc < 2:2299111/289‑1 (MQ=255) tGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGGTTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGc < 2:1817152/251‑1 (MQ=255) 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gAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCTCGCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGAATGGCTGGAAGAGCTGCAAGACGTGACGCCGTTTATCGATTTTGGCCCACGTATTGGCGATATCCCGGATGCATTACTGGCGCGGATCATGGCCTGTCGACCTTTAGTGTCGCTCAATCGTCAAGAGGCTGAGATTGCCGCCGAACGtt < 1:750004/289‑1 (MQ=255) ccTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCTCGCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGAATGGTTGGAAGAGCTGCAAGACGTGACGCCGTTTATCGATTTTGGCCCACGTATTGGCGATATCCCGGATGCATTACTGGCGCGGATCATGGCCTGTCGACCTTTAGTGTCGCTCAATCGTCAAGAGGCTGAGATTGCCGCCGAACGTTTTGCt < 1:2355206/287‑1 (MQ=255) ||| CGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGAGTTTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCAGCCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGAATGGCTGGAAGAGCTGCAAGACGTGACGCCGTTTATCGATTTTGGCCCACGTATTGGCGATATCCCGGATGCATTACTGGCGCGGATCATGGCCTGTCGACCTTTAGTGAGCCTCAATCGTCAAGAGGCTGAGATTGCCGCCGAACGTTTTGCT > CP042583/1756034‑1756592 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |